Beh direi che ci sono tante e forse troppe cose nel pentolone

Occorre procedere con calma e iniziare una cosa per volta.
Se lo scopo è fare siti compatibili con i cellulari, beh postresti cominciare vedendo dei tutorial sull'HTML (non c'è molto da imparare di teoria, è tutta pratica) per poi passare all'HTML5 che offre notevoli spunti per migliorare la visualizzazione sui cellulari.
Assolutamente da non dimenticare, i CSS.
Quindi cominciare a leggere tutto questo:
Guida HTML | Guide HTML/XHTML | Xhtml.HTML.it---
javascript verrà poi, serve ad agire sulle pagine del browser lato client, il suo uso più frequente attualmente viene fatto mezzo framework come jquery (quindi studiare javascript puro serve a poco se vuoi risultati immediati comincerai direttamente con jquery) e serve a modificare pagine web dinamicamente (come accade ad esempio su fb).
jquery ma ormai molti altri framework mettono a disposizione un sacco di azioni gia pronte.
aptana dovrebbe essere un editor di testo per Linux, uno vale l'altro, non ci devi imparare niente, serve a scrivere e a colorare il codice per renderlo più leggibile mentre lavori.
jqery già detto, json è un modo di trasferimento dati (prendendola alla larga), ma dovrai vederlo più avanti, ovvero con jquery ad esempio.
Fatto questo potrai già sviluppare anche qualche applicazione per cellulari tramite jquery mobile
