Ciao,
non so se ti serve ancora, ma:
La libreria .so che hai creato non ti serve a molto, dato che devi includerci anche un cpp che fa da ponte tra i tuoi cpp e le classi JAVA.
Comunque dovresti prima scrivere la tua app, e DICHIARARE in java le chiamate che andrebbero a interagire con il codice C/C++, che sono "public native parametroDiRitorno nomeMetodo();"
Una volta dichiarate le chiamate native, hai a disposizione il tool javah che ti crea da solo il .h per interfacciare l'app con la libreria. A questo punto devi DEFINIRE in un CPP quello che è stato creato nel .h Una volta fatto devi fare il build di tutti i .h e .cpp con il tool "ndk build" del NDK.