se non rinstalla l'applicazione modificata sull'emulatore,
prova a lancare il nuovo emulatore con opzione "wipe",dovrebbe gettare le applicazioni installate in precedenza(se per te non è un problema),
se invece mentre l'emulatore è aperto esegui un'applicazione, che è già lanciata in precedenza ed è ancora in backgtound, e lui invece di lanciarne una nuova, riprende dal background quella
ancora in esecuzione, prova da eclipse ad andare nella prospettiva ddms, vai ai processi in esecuzione e distruggi quello della app lanciata in precedenza,
non sono del tutto sicuro che fosse questo il tuo problema, ma magari..